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1、企業(yè)重組通常是日常經(jīng)營期內，清算則是不再經(jīng)營。

59號通知規(guī)定的企業(yè)重組，是指企業(yè)在日常經(jīng)營活動以外發(fā)生的法律結構或經(jīng)濟結構重大改變的交易。

60號通知規(guī)定的企業(yè)清算的所得稅處理，是指企業(yè)在不再持續(xù)經(jīng)營，發(fā)生結束自身業(yè)務、處置資產(chǎn)、償還債務以及向所有者分配剩余財產(chǎn)等經(jīng)濟行為時，對清算所得、清算所得稅、股息分配等事項的處理。

2、需要稅務清算的情形

財政部 國家稅務總局關于企業(yè)清算業(yè)務企業(yè)所得稅處理若干問題的通知 財稅[2009]60號

二、下列企業(yè)應進行清算的所得稅處理：

(一)按《公司法》、《企業(yè)破產(chǎn)法》等規(guī)定需要進行清算的企業(yè);

(二)企業(yè)重組中需要按清算處理的企業(yè)。

關于企業(yè)重組業(yè)務企業(yè)所得稅處理若干問題的通知 財稅[2009]59號

四、企業(yè)重組，除符合本通知規(guī)定適用特殊性稅務處理規(guī)定的外，按以下規(guī)定進行稅務處理：

（一）企業(yè)由法人轉變?yōu)閭€人獨資企業(yè)、合伙企業(yè)等非法人組織，或將登記注冊地轉移至中華人民共和國境外（包括港澳臺地區(qū)），應視同企業(yè)進行清算、分配，股東重新投資成立新企業(yè)。企業(yè)的全部資產(chǎn)以及股東投資的計稅基礎均應以公允價值為基礎確定。

（四）企業(yè)合并，當事各方應按下列規(guī)定處理：

2.被合并企業(yè)及其股東都應按清算進行所得稅處理。

（五）企業(yè)分立，當事各方應按下列規(guī)定處理：

4.被分立企業(yè)不再繼續(xù)存在時，被分立企業(yè)及其股東都應按清算進行所得稅處理。

稅收征管操作規(guī)范2.0版

②企業(yè)重組中需要按清算處理的企業(yè)。

上述企業(yè)重組中需要按清算處理的企業(yè)是指，發(fā)生《財政部國家稅務總局關于企業(yè)重組業(yè)務企業(yè)所得稅處理若干問題的通知》（財稅〔2009〕59號）第四條第（一）項規(guī)定的由法人轉變?yōu)閭€人獨資企業(yè)、合伙企業(yè)等非法人組織，或將登記注冊地轉移至中華人民共和國境外（包括港澳臺地區(qū)），第（四）項規(guī)定的合并以及第（五）項規(guī)定的分立，被分立企業(yè)不再繼續(xù)存在的，應按照《財政部國家稅務總局關于企業(yè)清算業(yè)務企業(yè)所得稅處理若干問題的通知》（財稅〔2009〕60號）規(guī)定進行清算。

3、公司解散時稅務清算不可以特殊性稅務處理

公司法規(guī)定“公司財產(chǎn)在分別支付清算費用、職工的工資、社會保險費用和法定補償金，繳納所欠稅款，清償公司債務后的剩余財產(chǎn)，有限責任公司按照股東的出資比例分配，股份有限公司按照股東持有的股份比例分配。清算期間，公司存續(xù)，但不得開展與清算無關的經(jīng)營活動。公司財產(chǎn)在未依照前款規(guī)定清償前，不得分配給股東。”。

同時《財政部 國家稅務總局關于企業(yè)清算業(yè)務企業(yè)所得稅處理若干問題的通知 財稅[2009]60號》規(guī)定，企業(yè)的全部資產(chǎn)可變現(xiàn)價值或交易價格，減除資產(chǎn)的計稅基礎、清算費用、相關稅費，加上債務清償損益等后的余額，為清算所得。被清算企業(yè)的股東從被清算企業(yè)分得的資產(chǎn)應按可變現(xiàn)價值或實際交易價格確定計稅基礎。 

因此企業(yè)清算期應按一般性稅務處理，按資產(chǎn)可變現(xiàn)價值或交易價格確認資產(chǎn)處置所得并確定為股東分配資產(chǎn)的計稅基礎，不應按特殊性稅務處理進行稅務處理，不應按賬面價值劃轉進行資產(chǎn)變現(xiàn)和會計處理。

3、公司解散（不需要清算）可以適用特殊性稅務處理的情形

公司解散也有不需要清算的情況，根據(jù)《公司法》，合并分立無需清算，根據(jù)《稅收征管操作規(guī)范2.0版》，企業(yè)發(fā)生符合相關規(guī)定的特殊性稅務處理規(guī)定的合并、分立，無需進行清算。因此合并分立導致的公司注銷，適用特殊性稅務處理的，無需辦理稅務清算，合并分立適用一般性稅務處理，需按清算進行稅務處理。